Четвертьфинал Кубка и десятое место в чемпионате

Сезон 2016/17 команда продолжила по инерции с предыдущим. В составе команды произошли изменения, больше игрового времени получили перспективные местные футболисты, однако стартовый отрезок оказался провальным. Из пяти туров победу удалось удержать лишь над столичной «Академией» (1:0).

Несмотря на не самые приятные результаты одним из памятных моментов сезона стал разгром столичного «Зимбру» (3:0) на глазах у тысячи человек в Чадыр-Лунге 1 марта 2017 года. В чемпионате «сине-белые» по итогу финишировали десятыми, набрав 19 очков. Всего 4 пункта не хватило гагаузской команде для того, чтобы догнать идущее на девятом месте «Динамо-Авто». При этом в Кубке Молдавии «Саксан» дошел до четвертьфинала, где уступил хынчештскому «Петрокубу».